در ايام بيماري، فاطمه (س) روزي امام علي (ع) را فراخواند و آن حضرت را وصيّ خويش قرار داد و به آن حضرت وصيت نمود که پس از وفاتش، فاطمه (س) را شبانه غسل دهد و شبانه کفن نمايد و شبانه دفن کند و اَحدي از کساني که در حق او ستم روا داشتهاند، در مراسم تدفين و نماز خواندن بر جنازه ی او حاضر نباشند .
سرانجام، روز سوم جمادي الثاني سال يازدهم هجري فرا رسيد. فاطمه (س) آب طلب نموده و بوسيله آن بدن مطهر خويش را شستشو داد و غسل نمود. سپس جامهای نو پوشيد و در بستر خوابيد و پارچهاي سفيد به روي خود کشيد؛ چيزي نگذشت که دختر پيامبر (ص)، بر اثر حوادث ناشي از هجوم به خانه ی ايشان، دنيا را ترک نموده و به شهادت رسيدند؛در حالي که از عمرِ مبارکش بنابر قول مشهور، 18 سال بيشتر نميگذشت و بنابر قول مشهور تنها 95 روز پس از رسول خدا (ص) در اين دنيا زندگي نمود.